چنین روایت شده که اسکندر مقدونی، جهانگشای سلوکی که ایرانیان از او چندان دل خوشی نداشته‌اند، در محل کنونیِ مدرسه ضیائیه بنایی احداث کرد که به زندان اسکندر یا زندان ذوالقرنین شهرت یافت. این مکان البته بعدها تبدیل به مدرسه شد (چه تبدیلی از این بهتر؟) مدرسه‌ای که اینک هشتصد سال قدمت دارد. در کنار این جاذبه‌ عظیم، البته دو جاذبه‌ دیگر نیز می‌توانید بیابید که هر یک تنها ۳۰۰ متر با این بنا فاصله دارند: خانه‌ی لاری‌ها (عمارتی بزرگ و شگفت‌انگیز متعلق به عهد قاجار و به سبک زیبای معماریِ همان دوره) و موزه‌ی حیدرزاده (موزه‌ی مردم‌شناسی و سکه‌شناسیِ بسیار دیدنی، با سکه‌هایی به قدمت صدها و حتی هزاران سال.) اکنون – خوشبختانه یا متأسفانه – اثری از آن زندان معروف، زندان اسکندر یزد، بر جا نمانده است. تنها یک فرورفتگیِ گودال‌ مانند در بنا به چشم می‌خورد که برخی از قدما می‌گویند سیاهچال زندان مخوف اسکندر یزد بوده است. اما این گمان اشتباه است و گودال یادشده، در اثر فروریختگیِ بخشی از بنا ایجاد شده است. هشت قرن، یعنی هشتصد سال تمام، قدمت این بناست. در بسیاری از کشورها که به گردشگریِ تاریخی شهرت دارند، کمتر بنایی با این قدمت یافت می‌شود و مسئولین آن کشورها، وجود بناهایی مانند مدرسه ضیائیه (زندان اسکندر یزد) را بر چشم می‌نهند. اصل ساختمانِ مدرسه ضیائیه در قرن هفتم به‌دست ضیاءالدین حسین رضی بر ویرانه‌های زندان اسکندر بنا نهاده شد و بعدها فرزندان او آن را تکمیل کردند. ساختنِ مدرسه با خشت خامِ یزد انجام گرفت و احتمالا به همین دلیل است که این بنا اینهمه سال، همچنان مانند کوهی استوار بر جای ایستاده است. بنا زندان اسکندر یزد ۱۸ متر ارتفاع دارد و درست کنار بقعۀ ۱۲ امام شهر خشتی جهان واقع شده است. گنبد زندان اسکندر یزد (مدرسه ضیائیه) که آن را نیز از خشت خام ساخته‌اند، بنایی با معماری آذری است. شیوه آذری یا آذربايجاني، سبکی منسوب به آذربایجان بوده که در معماری ایرانی پس از اسلام و در زمان حکومت ایلخانان بر ایران رواج یافت است و با عنوان سبک مغول یا ایرانی – مغول نیز شناخته می شود. در این بنا از تزئینات کاشی کاری استفاده نشده و تنها خشت در ساخت این بنای ساده و زیبا به کار رفته است، یادآور می‌شویم که حتی در مرمت گنبد زندان اسکندر یزد توسط استاد آخوند خرمی، در این قسمت نیز آجر استفاده شده است. شبستان بنای مدرسه ضیاییه یزد، محرابی را در میان خود دارد و  در اطراف صحن یا حیاط، رواق‌هایی به چشم می‌خورد که در قسمت ضلع غربی بزرگتر بوده و در کنار آنها محرابی از گچ وجود دارد. در حیاط زندان اسکندر یزد علاوه بر اِینوانچه‌های کوچک جلوی اتاق‌ها، چهار ایوان بلندتر نیز وجود دارد که بنا را به صورت چهارایوانی درآورده است. علاوه بر رواق‌ها، عنصر دیگری که در فضای صحن دیده می‌شود، پايابی با ۳۸ پله به عمق ۸/۲ متر از سطح زمين است که دسترسی به آب قنات اله آباد را ممکن می سازد. چاه آبی با قطر دهانه ی دو متر در وسط حیاط وجود دارد که به سردابی به عمق ۵ متر منتهی می‌شود و کف سرداب نیز حوضی قدیمی به عنوان یکی از آثار به جای مانده از بنای اولیه ساختمان وجود دارد. در در گوشه‌ی دیگری از حیاط زندان اسکندر اتاقی موسوم به اتاق بادگیر دیده می‌شود که در بازدید آن می‌توانید واردش شوید و از خنکای نسیم بادگیر بر فراز آن لذت ببرید. بر اساس شواهد تاریخی خاندان رضی، در اطراف مدرسه ضیاییه یزد خانه‌های عالی و بادگيرهای بلند ساخته بودند. در آن زمان این ساختمان درگاه بلند، دو مناره‌ی رفیع و باغچه‌ای پر از درخت داشت و کتابخانه و حمام در روبه روی بنا واقع شده بودند. با تمام این قسمت‌ها زندان اسکندر از بزرگ‌ترین‌ها و باشکوه‌ترین‌ها بناهای تاریخی یزد است که در نوعِ خود بی‌نظیر و منحصر به فرد است. این بنا در محلۀ کهنِ فهادانِ یزد که از جذاب‌ترین محله‌های تاریخیِ ایران است، عمری چند صد ساله دارد که در تور یزد بازدید از آن را نمی‌توان فراموش کرد.