کلیسای چوپان درغرب شهر مرزی جلفا، در ساحل رود ارس و در محدوده استان آذربایجان شرقی واقع است. این کلیسا که در قرن ۱۶ میلادی ساخته شده و در سال ۱۸۳۶ میلادی بازسازی کلی گردیده است، طبق روایاتی محل عبادت چوپانان ارمنی ساکن روستاهای اطراف دره شام بوده است. پلان کلیسا از خارج مربعی شکل به ابعاد ۷٫۷ در ۵٫۷ متر و از داخل صلیبی شکل بوده و بطور کلی کلیسای کوچکی محسوب میگردد. ورودی اصلی در قسمت غربی بنا قرار داشته و محراب آن در سمت شرق بنا میباشد. مصالح بکار رفته در ساختمان آن سنگ و ملاط است و سطح دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده است. بنا فاقد هر گونه حجاری است . این کلیسا دارای گنبد کوچکی با پلان دایره شکل است که بر روی آن چهار نورگیر در چهار جهت تعبیه شده است. در سمت غرب کلیسا آثار و بقایای بنای ویران شده ای موجود است که احتمالا بخشی ازکلیسا را تشکیل داده است. در محوطه اطراف کلیسا سنگ صلیبهایی بوده است که جهت حفظ آنها تعدادی به تبریز منتقل گردیده است. در تابستان سال ۱۳۸۵ میلادی قسمتهایی از کلیسا تخریب گردید که در حال حاضر توسط سازمان میراث فرهنگی مرمت میگردد.